La Société historique de Saint-Boniface est gérée par un conseil d’administration qui doit se composer d'un maximum de 13 personnes et d'un minimum de 7 personnes. Ces personnes sont élues lors de l’assemblée générale annuelle de l’organisme qui a lieu en mai ou juin de chaque année. Suite aux élections, les membres du conseil d’administration élisent entre eux les membres du bureau de direction, dont le président, le vice-président, le trésorier et le secrétaire.

Le conseil d’administration de l’année 2011-2012 est composé comme suit :
Président : Michel Lagacé
1er vice-président : Luc Côté
Trésorière : Patricia Turenne
Secrétaire : Carole Pelchat
Conseillers/conseillères: Julien Bédard, Alfred Monnin, Christian Benhamou, Rena Elbaze, Jean-Daniel Boulet, Rémi Gosselin et Joël Tétrault.